京都大学医学部附属病院下设内科、呼吸器外科、循环器科、小儿科、精神科、神经内科、外科、整形外科、形成外科、脑神经外科等。

日本圣路加国际医院是基督教系的综合医院，成立于1902年，是日本医疗史上第一所现代化医院。