京都大学医学部附属病院拥有1121个病床，医师782人，护士1052人，药剂师67人，理学工作疗法师33人，能进行活体肺移植和脑死亡的脏器移植的医院。东大路通（东山通）的西侧有附属医院、医学系研究设施、医学部、药学部等，东侧有京都大学的本部。

京都大学医学部附属病院作为由厚生劳动省担任国际水准的临床研究等的中心作用的国内的核心医院，被指定为临床研究核心医院。以患者为中心的医院，提供安全、高质量的医疗服务。通过新医疗的开发和实践，为社会做出贡献。

诊疗科设为：

内科：血液・肿瘤内科、内分泌・代谢内科、呼吸器内科、呼吸管理睡眠时无呼吸、免疫・胶原病内科、消化器内科、老年内科、糖尿病・营养内科、初期诊疗・急救科、肾脏内科、神经内科、循环器内科

外科：消化管外科、乳腺外科、肝胆胰・移植外科、小儿外科

心血管外科，脑神经外科，呼吸器外科，整形外科，牙科口腔外科，耳鼻喉科，眼科，皮肤科，泌尿科，儿科，精神科，妇产科，放射治疗科、放射诊断科，麻醉科，康复训练科，病理诊断科