研究领域

血栓形成与免疫学

实验室

该博士后研究员将加入 纽约大学格罗斯曼医学院内科系巴雷特实验室，该实验室由Tessa J. Barrett博士领导。巴雷特实验室致力于阐明血小板介导的动脉粥样硬化、血栓形成和炎症性疾病并发症的机制和调控。

我们正在寻找一位博士后研究员，负责领导高维单细胞和功能基因组学数据集的研究设计、分析和解读。

成功入选者将与实验科学家和临床合作者紧密合作，制定分析策略，构建可重复的流程，并将多组学研究结果转化为生物学见解和可验证的假设。

主要职责

设计并执行单细胞和表观基因组学研究的计算分析方案，包括实验设计和对照、统计功效考虑以及技术规划。

分析和解释单细胞多组学数据集，包括基于测序的转录组和表位细胞索引（CITE-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）以及联合多组学分析，包括质量控制（QC）、整合、批次校正、聚类和注释、差异表达和可及性分析、轨迹和推断、细胞间相互作用分析以及通路富集分析。

使用 R 和 Seurat、Bioconductor、Signac 或 ArchR，和/或 Python 和 Scanpy 构建并维护可复现的工作流程，并具备完善的文档和版本控制。

合作完成图表生成、论文撰写和结果展示，并根据需要指导受训人员掌握计算最佳实践。

与湿实验室团队成员合作，将计算结果与验证实验和机制后续研究联系起来。

所需资格

计算生物学、生物信息学、生物统计学、基因组学、系统生物学、计算机科学或相关领域的博士学位或同等学历

具备分析单细胞数据集的经验，包括独立研究设计和生物学解释。

精通 R 和/或 Python 数据分析，熟悉 Seurat、Signac、Scanpy 或 ArchR 等标准单细胞工具包。

具备较强的沟通能力和协作精神，能够清晰地向计算和实验领域的混合受众解释分析结果。

优秀的出版记录或富有成效的学术成果

对血小板生物学、血栓炎症、免疫学和/或心血管疾病感兴趣

具备 CITE-seq 和/或 scATAC-seq 的实际操作经验，理想情况下还应具备多组整合经验，包括抗体衍生标签 (ADT) 处理和染色质可及性工作流程。

熟悉差异检验框架，包括伪批量策略和混合模型、基因集富集分析以及稳健统计实践。

具备云计算或高性能计算 (HPC) 环境、容器、工作流管理器以及可复现研究最佳实践方面的经验

如何申请

请提交以下材料：

简历

简要说明研究背景和兴趣

三位推荐人的姓名和联系方式

请将材料通过电子邮件发送给 Tessa J. Barrett 博士

邮箱地址为Tessa.Barrett@NYULangone.org。

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