日本授予的博士学位有两种类型: 即课程博士和论文博士。

课程博士是指脱产学习的研究生,学完博士学位规定课程的学分后，从事研究工作，写出论文，最后考试合格，并通过论文答辩后所授予的博土学位。一流大学的课程博士要有3篇以上的论文，一般国立大学的课程博士要有1篇以上的论文。

论文博士则是在职人员可以不上课，在工作岗位上经过一定时期的研究工作，结合实际工作将研究成果写成博士论文，向有关大学提出申请授予博士学位，参加大学组织学术讲座后考试合格，并通过论文答辩后所授予的博士学位。一般来说，硕士毕业的人研究经历要5年以上，一流大学的论文博士要有5篇以上第一作者的论文，国立大学的论文博士要有3篇以上第一作者的论文。

在日本，虽然课程博士和论文博士的学术价值和含金量没有差别，但中国对在日本拿到“论文博士”的留学生的学位“不予评估”，也就是不承认其学术价值，这使许多拿到“论文博士”的中国留学生回国后非常尴尬，因此，为保险起见，建议中国留学生读课程博士。

日本医学博士大多为课程博士。

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