UCSF医学中心目前主要分布在2个院区。主院区位于Parnassus，包括Moffitt-Long医院、Langley Porter精神疾病研究所、Benioff儿童医院等。Mount Zion医院包括癌症中心和妇女健康中心。

1949年，位于Parnassus 校区的加州大学医院正式命名为旧金山加州大学医学中心（UC Medical Center in San Francisco）。1955年，整合旧金山加州大学医学院医疗、教育、研究资源的新院区落成。医院被命名为Moffitt医院，以纪念医学院前任院长Herbert Charles Moffitt (1867-1950)。1970年，位于Parnassus 院区的医院和诊所被统称为UCSF医学中心。随着规模的不断扩大，Joseph M. Long医院于1983年落成。1984年，Mt. Zion医院与UCSF签署合作协议（1990年正式并入UCSF）。 

1967年，肾脏移植外科先驱Samuel Lee Kountz Jr. (1930–1981) 担任UCSF移植中心主任，将其建设成为全美国最大的肾移植中心之一。1982年，神经科医师Stanley Ben Prusiner (1942-) 分离出一种蛋白（后被命名为“朊“prions），被认为是人类Creutzfeldt-Jakob病的致病物质，Prusiner也因此获得了1997年诺贝尔生理学或医学奖。1983年，UCSF的临床医生与旧金山总医院（SFGH）建立了全美最早的AIDS门诊，UCSF AIDS临床研究中心在John L. Ziegler等领导下，对AIDS进行了大量研究，率先发现了AIDS与恶性淋巴瘤之间的联系。

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