日本国立癌症中心设立于1961年，位于东京的中心地带。国立癌症中心集癌症医院、癌症预防和研究为一体的综合性中心，以癌症的预防、早期发现、早期治疗为目标。1992年在千叶县的柏市成立了国立癌症中心东医院，同时原来的医院改为国立癌症中心中央病院，1994年还设立了研究所分所。国立癌症中心一直是日本最权威的癌症治疗机构。

国立癌症研究中心中央医院是日本最著名的肿瘤专科医院。医院拥有国内一流的检验中心、一流的诊疗设备、一流的专家团队和一流的服务理念，综合实力和医疗品质在日本癌症检测和治疗领域首屈一指。开放病床425张，设内科、呼吸科、消化科、脑外科、胸外科、眼科、妇科、放射肿瘤科等科室，其肿瘤治疗特色为质子治疗，每年接受患者7000人次，其中质子治疗80人，手术患者2500人次，放射治疗1000人次。

日本国立癌中心中央医院的特点是学科门类齐全和科学合理的分科与协作，如消化系统肿瘤分为胃肠外科、肝胆胰外科、食管外科；内科则分成消化道内科与肝胆胰内科等。临床科室在分科的基础上，与放疗、医技等科室分别组成37个诊断治疗小组，几乎包括了所有肿瘤的诊断与治疗。设置有VIP病房、手术室、门诊肿瘤化疗中心、肿瘤放射治疗中心、骨髓干细胞移植中心病房、医疗康复设施、放射诊断科以及高端会员门诊等部门。

内科系统治疗肿瘤的科室主要有呼吸内科，消化内科，血液科。其中消化内科最强，主要治疗特色：肝癌的射频消融，胰腺癌、胆管癌支架下化疗，胃癌、肠癌的化疗等，2009年治疗各类消化系统肿瘤3800例。

外科分科较细，其中乳腺内分泌外科治疗乳腺癌和甲状腺癌。胃食管外科、结直肠外科、肝胆胰外科、脑外科分别治疗相应的肿瘤及良性疾病。泌尿外科以治疗膀胱癌、肾癌、输尿管癌为主，以综合治疗为特色，包括化学药物治疗、免疫治疗和放射治疗。妇科以腹腔镜等微创手术为特色。