东京大学医科学研究所是日本最大并拥有附属医院的生命科学研究所，主要从事癌症、感染症以及其它疑难杂症的医疗研究。2005年4月29日，中国科学院与东京大学签署了全面合作协议（2005年到2010年）；随着中科院与东京大学新一轮合作（2010年到2015年）启动，日方为拓宽合作渠道，正积极寻求新的合作领域。

东京大学医科学研究所附属病院位于东京都港区白金台，前身为大日本私立卫生会附属研究所，成立于1892年11月。东京大学医科学研究所以“从实验室到临床”为宗旨，为救助承受传染病折磨的患者进行研究和治疗，其设立的附属病院目前拥有床位135个。